Upaya merintis pendirian Fakultas Kedokteran Universitas Riau (FK UNRI) diawali dengan ditandatanganinya kerjasama antara Universitas Riau (UNRI) dengan Kantor Wilayah Departemen Kesehatan (Kanwil Depkes) Provinsi Riau pada tanggal 26 Januari 1999. Pada tanggal 26 Juni 1999 ditandatangani Memorandum of Understanding (MoU) kerjasama tripartid antara Pemerintah Provinsi (Pemprov) Riau, Universitas Riau (UR) dan Unersitas Andalas (UNAND) yang diikuti penandatanganan Petunjuk Pelaksanaan/Petunjuk Teknis (Juklak/Juknis) dari MoU tersebut oleh Pemprov Riau, UNRI dan UNAND khususnya Fakultas Kedokteran pada tanggal 22 Januari 2000. Sebagai tindak lanjutnya, pada tanggal 27 Januari 2000 ditandatangani MoU antara UR dengan Rumah Sakit Umum Daerah (RSUD) Arifin Achmad Provinsi Riau. 

FK UNRI memulai kegiatan proses belajar mengajar sejak diterbitkannya Surat Keputusan Izin Penyelenggaraan Program Pendidikan Dokter Universitas Riau No. 3082/D/T/2001 tanggal 25 September 2001 oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi. Dengan dikeluarkannya SK tersebut, maka pada Tahun Akademik (TA) 2001/2002, FK UNRI menerima mahasiswa yang diseleksi melalui Ujian Masuk Perguruan Tinggi Negeri (UMPTN) Khusus dan Penelusuran Bibit Unggul Daerah (PBUD) untuk seluruh kabupaten/kota di Provinsi Riau. Berdasarkan Keputusan Rektor UR No. 190/J19/AK/2004 tanggal 15 Desember 2004 maka Program Pendidikan Dokter berubah menjadi FK UNRI.

Pada tahun 2006 FK UNRI telah menjadi institusi pendidikan kedokteran yang sudah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi (BAN-PT) dengan nilai akreditasi C. Berdasarkan hasil akreditasi tahun 2006 FK UR telah mengadakan berbagai perbaikan mutu, sarana dan prasarana pendidikan. Selanjutnya pada tahun 2011 FK UNRI kembali melaksanakan reakreditasi dan memperoleh akreditasi B.

Fakultas Kedokteran Universitas Riau saat ini menyelenggarakan, mengelola, dan mengembangkan Prodi Pendidikan Profesi Dokter pada tahap akademik dan dilanjutkan dengan tahap profesi yang menghasilkan lulusan sarjana kedokteran (S Ked) dan menjadi dokter (dr). Tata pamong FK UR mengacu pada Status UNRI 2003 dan PP No. 60 tahun 1999 terdiri dari unsur pimpinan yaitu Dekan dan Pembantu Dekan, senat fakultas, koordinator Prodi, unsur pelaksana akademik yaitu bagian-bagian, unit penunjang, laboratorium, kelompok dosen, dan unsur pelaksana administratif. Tanggung jawab FK UNRI dipegang oleh Dekan sebagai pimpinan tertinggi dan bertanggung jawab kepada Rektor. Dalam menjalankan tugasnya Dekan dibantu oleh Pembantu Dekan I, II dan II. Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan (Permendikbud) 114 tahun 2014 dilakukan perubahan terminologi Pembantu Dekan menjadi Wakil Dekan yaitu Wakil Dekan Bidang Akademik (BAK), Wakil Dekan Bidang Administrasi Umum dan Keuangan (BUK) dan Wakil Dekan Bidang Kemahasiswaan, Kerja sama dan Alumni (BMKSA) . Pola kepemimpinan pada Prodi Pendidikan Profesi Dokter FK UNRI dilaksanakan melalui kepemimpinan operasional dan kepemimpinan organisasi di samping juga dilaksanakan kepemimpinan publik. Sistem tata pamong di FK UNRI telah berjalan efektif. Hal ini tercermin dari adanya struktur organisasi disertai tugas pokok dan fungsi yang jelas serta pelaksanaan monitoring evaluasi internal maupun eksternal yang dinilai efektif.

Saat ini FK UNRI memiliki 174 orang dosen yang terdiri dari dosen tetap dan dosen tidak tetap. Untuk memenuhi rasio dosen dan mahasiswa saat ini sedang dilaksanakan proses pemberian Nomor Induk Dosen Khusus (NIDK) pada dosen tidak tetap. Pengaturan tugas dosen dan tenaga kependidikan telah dilaksanakan secara efektif karena adanya panduan Standar Prosedur Operasional yang jelas, buku tupoksi serta Panduan Etik dan Disiplin Dosen dan Tenaga Kependidikan

Mengacu pada visi, misi, sasaran dan tujuan pendidikan FK UNRI, maka pada kurikulum tahap akademik dimuat blok-blok yang relevan/sesuai, antara lain blok statistik dan metodologi penelitian, yang akan mendukung aktivitas riset mahasiswa. Pada materi blok sistem juga sudah dimasukkan kasus-kasus klinis spesifik untuk wilayah pesisir dan perbatasan. Selanjutnya, secara khusus terdapat muatan lokal, yaitu berisi pembelajaran tentang permasalahan kesehatan yang berkaitan dengan lingkungan pekerjaan, lingkungan fisik dan sosial, serta lingkungan perairan dan sesuai karakteristik Provinsi Riau yang berada di wilayah pesisir dan perbatasan. Lebih jauh lagi blok ini juga akan berbicara mengenai proses penegakan diagnosis penyakit yang berkaitan dengan lingkungan, daerah pesisir dan perbatasan serta pengelolaannya secara manajerial.